6月20日，國民黨主席馬英九20日登記參選黨主席，被問到兩岸問題時，他指出，兩岸互設辦事機構是兩岸的基礎工程，基本上屬於中性機構，主要是管理與協助兩岸每年超過800萬人的互動交流。兩岸關係始終受到重視，國民黨主席馬英九表示，兩岸關係在這5年來已經有很具體的成果，相信雙方都非常珍惜。而為了因應未來發展，他也提出具體方向，也就是交流與互動一定要擴大且深化，他舉出將在明天(21日)簽署的兩岸服務貿易協議之後，彼此的互動與交流也一定會繼續深化。至於兩岸互設辦事機構，馬英九也認為是兩岸基礎工程，屬於中性。馬英九：『(原音)兩岸互設辦事機構，這點其實是兩岸基礎工程，非常重要一部分，他基本上是中性的。他代表兩岸需要互設機構來管理、來協助每一年超過8百萬人的互動以及1,600億美元以上的貨品服務的往來。在任何2個政治實體之間，如果交流到這程度，還沒設辦事機構的話是很難想像的。』同時馬英九表示也將全面檢討兩岸人民關係條例，他希望兩岸在和平發展道路上能繼續往前邁進。他表示，兩岸都是中華民族也是炎黃子孫，在這樣的歷史、文化與血緣事實上，如何讓兩岸人民真正獲得和平與繁榮，是未來最重要的目標。另一方面關於黨產問題，馬英九表示，目前國民黨的黨營事業已經完成信託，現在也積極處理，最近一次是在今年3月公開標售，但到目前為止沒有具體成果。馬英九表示，不是國民黨不願處理，而是不能輕易賤價拋售，這恐怕涉及背信問題。但他表示國民黨絕對是朝這方向處理，不會改變。[連結]